Novamente a JBS-Friboi é citada no escândalo da Operação Lava Jato.

Pela segunda vez a holding JBS, administradora da marca Friboi da família do ex-pré candidato ao governo de Goiás, José Batista Jr, o Júnior Friboi, é citada na Operação Lava Jato que investiga um dos maiores esquemas de corrupção do Brasil e que teve origem na estatal Petrobrás. Segundo reportagem do jornal O Estado de São Paulo, a JBS-Friboi pagou à empresa de fachada do ex-deputado federal André Vargas, preso essa semana por determinação do Juiz Sérgio Moro, que conduz os processos oriundos da Lava Jato, R$ 200 mil reais. A descoberta deu-se a partir de quebra de sigilo bancário do ex-deputado, envolvido no esquema. Em dezembro de 2014, reportagem da revista Valor Econômico dava conta de que a empresa Friboi havia feito depósitos da ordem de R$ 800 mil em contas de empresas de fachadas ligadas a doleiros que operavam o esquema desbaratado pela operação Lava Jato. Na época, a reportagem dizia que as ações da empresa goiana haviam despencado 13% com a notícia do seu suposto envolvimento no esquema criminoso. A JBS negou veementemente irregularidades nos depósitos realizados às empresas de fachada e disse tratar-se de pagamentos a título de prestação de serviços de Consultoria e Marketing. 

No início do ano, a Friboi esteve novamente em evidência, dessa vez por ter sido beneficiada com o perdão fiscal de mais de R$ 1 bilhão de reais concedido pelo governo de Marconi Perillo (PSDB/GO). Por conta dessa remissão fiscal, Marconi foi acionado junto ao MP/GO e deve ser chamado a explicar a operação que isentou a gigante da carne goiana do pagamento de verdadeira fortuna em ICMS apurados e não pagos. Na representação protocolada pelo PSOL, Marconi é acusado de ter favorecido a JBS-Friboi em virtude do apoio recebido de Júnior Friboi que, embora filiado ao PMDB, apoiou publicamente o tucano nas eleições de 2014. Friboi, que almejava o governo em 2018, enfrenta processo de expulsão do PMDB, o que de fato deve ocorrer até maio deste ano.